Από την ίδρυση του το Πανεπιστήμιο Αιγαίου και συγκεκριμένα η πανεπιστημιακή μονάδα Μυτιλήνης με τη συνεισφορά αποσπασμένων από την Δευτεροβάθμια Εκπαίδευση καθηγητών Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού είχε ξεκινήσει την ανάπτυξη του Πανεπιστημιακού Αθλητισμού. Μετά την εκλογή μέλους Ειδικού Επιστημονικού Εκπαιδευτικού Προσωπικού (Ε.Ε.ΔΙ.Π) Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού στην Σχολή Κοινωνικών Επιστημών του Ιδρύματος και έπειτα από την οργανωτική προετοιμασία τον Δεκέμβριο του 2003 δημιουργήθηκε ο τομέας «Αιγαιακός Πανεπιστημιακός Αθλητισμός». Η ονομασία του νεοϊδρυθέντος τομέα προσπάθησε να περικλείει τόσο γεωγραφικά χαρακτηριστικά (Αιγαιακός) όσο και το συγκεκριμένο προσανατολισμό του ως τομέα (Πανεπιστημιακός Αθλητισμός). Παράλληλα καθιερώθηκε το ειδικό λογότυπο του τομέα ενώ ταυτόχρονα άρχισε τη λειτουργία του το Γραφείο Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού.

Ο τομέας «Αιγαιακός Πανεπιστημιακός αθλητισμός» δίνει την δυνατότητα σε όλους τους φορείς της εκπαιδευτικής κοινότητας να ασχοληθούν ανάλογα με τα ενδιαφέροντα και την αθλητική τους προτίμηση σε ένα πλήθος αθλητικών δραστηριοτήτων και εκδηλώσεων. Επίσης έχει σαν σκοπό την εκπροσώπηση του Πανεπιστήμιου μέσω των αντιπροσωπευτικών πανεπιστημιακών ομάδων ατομικών και ομαδικών αθλημάτων στις Πανελλήνιες Πανεπιστημιακές διοργανώσεις, στην ετήσια πολιτιστική πανεπιστημιακή εβδομάδα και σε Ευρωπαϊκές ή Παγκόσμιες Πανεπιστημιάδες.

Τέλος, μέσω του τομέα παρέχεται η δυνατότητα ανάπτυξης προγραμμάτων αποκατάστασης μετά από τραυματισμούς, η ανάπτυξη προγραμμάτων για άτομα με ειδικές ανάγκες, η συμμετοχή σε προγράμματα μορφωτικών ανταλλαγών και η διοργάνωση ημερίδων και συνεδρίων.